根據分離原理的不同，可分為：
（一）液－液色譜法（或稱液－液分配色譜法）

流動相和固定相都是液體。試樣溶于流動相后，在色譜柱內經過分界面進入固定液（固定相）中，由于試樣組分在固定相和流動相之間的相對溶解度存在差異，因而溶質在兩相間進行分配。跟氣一液分配色譜有相似之處：分離順序決定于分配系數的大小，分配系數大的組分保留值大。分配系數為溶質在固定相和流動相中的濃度之比。但是氣相色譜法中流動相的性質對分配系數影響大小，而液相色譜中流動相的種類對分配系數卻有較大的影響。

（二）液一固色譜法（或稱吸附色譜法）

流動相為液體，固定相為吸附劑。這是根據物質吸附作用的不同來進行分離的。溶質分子被固定相吸附，將取代固定相表面上的溶劑分子。如果溶劑分子吸附性更強，則被吸附的溶質分子將相應地減少。吸附性大的溶質就會zui后流出。

液一固色譜適用于分離相對分子質量中等的油溶性樣品，對具有不同官能團的化合物和異構體有較高的選擇性。凡能用薄層色譜成功地進行分離的化合物，亦可用液一固色譜進行分離。缺點是由于非線性等溫吸附常引起峰的拖尾現象。 

（三）離子交換色譜法

離子交換色譜法是基于離子交換樹脂上可電離的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子進行可逆交換，依據這些離子對交換劑具有不同的親和力而將它們分離的一種方法。

離子交換色譜主要用來分離離子或可離解的化合物，它不僅用于無機離子的分離，例如稀土化合物及各種裂變產物，還用于有機物的分離。20世紀60年代前后，已成功地分離了氨基酸、 核酸、蛋白質等，在生物化學領域得到了廣泛的應用。

〔四）離子對色譜法

離子對色譜法是將一種（或多種）與溶劑分子電荷相反的離子（稱為對離子或反離子）加到流動相或固定相中，使其與溶質離子結合形成離子對化合物，從而控制溶質離子的保留行為。

離子對色譜，特別是反相離子對色譜解決了以往難分離混合物的分離問題，諸如酸、堿和離子和非離子的混合物，特別對一些生化樣品如核酸、核苷、兒茶酚胺、生物堿以及藥物等的分離。另外還可以借助離子對的生成給樣品引入紫外吸收或發熒光的基團，以提高檢測的靈敏度。

（五）離子色譜法

離子色譜是目前*能獲得快速、靈敏、準確和多組分分析效果的方法，因而受廣泛重視并得到迅速的發展。檢測手段已擴展到電導檢測器之外的其它類型的檢測器，如電化學檢測器，紫外光度檢測器等。可分析的離子正在增多，從無機和有機陰離子至金屬陽離子，從有機陽離子到糖類、氨基酸等均可用離子色譜法進行分析。

（六）空間排阻色譜

空間排阻色譜以凝膠為固定相，它的分離機理與其它色譜*不同。它類似于分子篩的作用，但凝膠的孔徑比分子篩要大得多，一般為數納米到數百納米。溶質在兩相之間不是靠其相互作用力的不同來分離，而是按分子大小進行分離。分離只與凝膠的孔徑分布和溶質的流體力學體積或分子大小有關。